Одной из задач Больничной кассы Эстонии является формирование сознательности людей и направление поведения здоровья. Рамки для этой деятельности предоставляет также «Программа развития здоровья населения 2009-2020» - в этом документе сосредоточены основы для деятельности больничной кассы как в содействии развитию здоровья, профилактики болезней, так и в развитии услуг здравоохранения.

Профилактика болезней является привлечением здоровых людей к исследованиям здоровья или профилактическим услугам здоровья, с целью предотвращения болезней. Профилактика – это также консультирование здоровья, вакцинация, наблюдение беременности, выборочные обследования, публикация руководств для пациентов, действия по предупреждению осложнений болезни и т.д. Профилактика болезни является частью услуг здравоохранения.

Важная роль в профилактике отведена семейному врачу и семейной медсестре, в число обязанностей которых входит наблюдение здоровья пациента и, посредством различных профилактический действий, сохранение его здоровья, чтобы болезни не возникали или не усугублялись. Например, в число действий по профилактике сердечно-сосудистых болезней входят следующие действия:
- измерение роста и веса, вычисление индекса массы тела;
- измерение объёма талии;
- измерение кровяного давления и уровня сахара в крови;
- измерения уровня холестерина.

Кроме того, важная часть работы семейного врача и семейной медсестры заключается в  картографировании факторов риска:
- курение;
- употребление алкоголя;
- привычки питания (наибольшее внимание обращают на употребление жирной пищи и пищевой соли, также фруктов и овощей);
- физическая активность;
- наблюдающиеся в семье сердечно-сосудистые болезни или злокачественные опухоли.

Часть профилактических действий организуется в качестве проектов или больничная касса участвует в финансировании конкретных проектов. Одним из проектов профилактики являются, например, скрининговые  обследования по выявлению рака. Эти действия планируются на основании долгосрочных целей программы развития здоровья населения, учитываются также государственные программы, задачи организаций и местных самоуправлений.

Вдобавок к названному специалисты больничной кассы составляют в сотрудничестве с обществами по специальности информационные материалы для пациентов. Осведомляющие о рисках болезней и возможностях профилактики болезней информационные материалы больничной кассы сосредоточены на страничке лечебных руководств. Например, там можно найти подробные руководства по уходу за младенцем и по действиям в случае различных детских болезней, ещё издано много разных руководств для пациентов, которые освещают болезни сердца, высокое кровяное давление, болезнь почек и многое другое.