Больничная касса платит за услуги здравоохранения застрахованного лишь тогда, когда у лечебного учреждения имеется договор с больничной кассой. Больничная касса платит только за те услуги здравоохранения, которые имеются в перечне услуг здравоохранения Больничной кассы Эстонии и для оказания которых имеется медицинское показание.

Договорные партнёры обслуживают всех застрахованных больничной кассы, независимо от места жительства застрахованного.

При обращении к врачу-специалисту действует требование направления (за исключением описанных в законе о медицинском страховании случаев: травма, хроническая болезнь, туберкулёз, глазная болезнь, кожная или венерическая болезнь или когда к врачу обращаются для получения гинекологической или психиатрической помощи и детского лечения зубов).