Для обеспечения пациенту качества оказываемых медицинских услуг в ситуации, когда медицинскую услугу оказывают только частно-правовые юридические лица, в 2002 году государство установило требования к качеству медицинских услуг, а также создало систему надзора для контроля деятельности произодителей медицинских услуг.

Качественная медицинская услуга должна соответствовать требованиям, действующим во время оказания данной услуги, в том числе, профессиональным требованиям и требованиям к специальности, а также общему уровню современной медицины, имеющимся ресурсам и потребностям пациента в связи с его состоянием здоровья, а также его удовлетворенности.

Требования к качеству оказания медицинских  услуг установлены:
1) Статьей 762 Закона об обязательственном праве, согласно которой медицинская услуга должна соответствовать, по меньшей мере, общему уровню медицины на момент оказания услуги, и услуга должна оказываться с обычно ожидаемым тщанием со стороны производителя медицинской услуги. При необходимости производитель медицинских услуг должен направить пациента к врачу-специалисту или привлечь врача-специалиста к лечению;
2) исходя из Закона об организации оказания медицинских  услуг министр социальных дел установил требования к качеству и доступности медицинских  услуг.
 
Оценкой и решением проблем с качеством медицинских  услуг занимаются:
1. производитель медицинских услуг в рамках системы управления качеством, действующей в его учреждении, обеспечивает организацию труда в организации и качество управления ею, качество обслуживания пациента и профессиональное качество медицинской помощи, а также оценивает удовлетворенность пациентов;
2. Больничная касса Эстонии заказывает клинические аудиты для оценки качества медицинских услуг, содержащихся в прейскуранте Больничной кассы;
3. отдел надзора Департамента здоровья контролирует и оценивает соответствие требованиям оказания медицинской услуги, т.е. формальное качество;
4. созданная Министерством социальных дел и обладающая совещательным правом экспертная комиссия по качеству медицинских услуг дает независимую оценку существенного качества медицинской услуги, оказанной пациенту.