Система здравоохранения Эстонии основана на медицинском страховании, исходящем из принципа обязательной солидарности, а также общей доступности медицинских услуг, предлагаемых частно-правовыми производителями медицинских услуг. Управление системой здравоохранения и надзор за ней, а также разработка политики в отношении здоровья входят в задачи Министерства социальных дел, а также управляемых им учреждений.

В Эстонии система здравоохранения регулируется Законом об организации оказания медицинских услуг, который устанавливает организацию оказания медицинских услуг и требования к ним, а также порядок управления здравоохранением, его финансирования и надзора за ним.
 
Оказание медицинских услуг организуется в соответствии со спецификой их оказания:
- оказание неотложной помощи;
- оказание общей медицинской помощи;
- оказание скорой помощи;
- оказание специализированной помощи;
- оказание сестринской помощи;
- оказание акушерской помощи.
 
Кроме того, с целью обеспечения пациенту качества оказываемой медицинской услуги в ситуации, когда медицинскую услугу оказывают только частно-правовые юридические лица, в 2002 году государство установило требования к качеству медицинских услуг и создало систему надзора для контроля деятельности произодителей медицинских услуг.

Здравоохранение финансируется из бюджета Эстонии за счет средств бюджета медицинского страхования через Больничную кассу Эстонии, а также в виде непосредственных отчислений из государственного бюджета, волостного и городского бюджета, денег пациента и других источников.

Подробную информацию о системе здравоохранения Эстонии можно найти в подразделах меню.